不过也有网友指出被誉为“最快度、最强大的iPhone”的3GS版本仍然有小的缺陷。
一、GPS定位偏差
iPhone 3GS上使用的是联通WCDMA网络，每次使用Googole Maps时发现iPhone 3GS的基站定位总有一些大的偏差，甚至可能偏差100-200米以上。看来要么地图有问题，要么基站问题。
二、待机时间过短
苹果官方网站的比较上，iPhone 3GS在3G通话时间、Wi-Fi连接时间以及音乐和视频播放时间上，相比于iPhone 3G都有了提高。
但是实际使用看，有读者反应连续使用上网3小时后电量耗尽，这与一些网络评测的5小时有较大差距。
三、背部温度过高
在使用3GS较长时间后，背部温度达到45度左右，实在惊人（室内温度26-28度）。
四、不支持视频通话
iPhone 3GS虽然支持7.2Mbps的HSDPA数据传输，但是对于视频通话功能，仍然不支持。或许在欧美市场，视频通话的用户较少吧，不过从成熟的日本来看，视频通话还是有一定市场的。
五、不支持多任务
iPhone 3GS是第三代iPhone手机，其固件也升级到了3.0版本，但是仍然不支持多任务同时运行，这对于目前绝大部分智能手机都具备的多任务来说，简直不可思议。
而iPhone对于必须的后台程序，比如背景音乐、浏览器、检察邮件等采用的是直接针对硬件的特殊处理。苹果方面的解释是防止多任务状态用户开启多个程序忘记关闭而带来的巨大耗电。
六、手机报打开跳转尾段
在收到长彩信之后，屏幕上会先显示首张图片以及预览，但是在我们打开彩信之后，却发现iPhone 3GS直接显示了彩信的结尾。iPhone可以使用户双击顶部的标题栏（显示网络、时间和信号那里）跳转至顶部，不过在同号码多条彩信（比如手机报）的情况下，会直接跳转至最初的一条彩信。
苹果这样的设计起初应该是为了用户方便查看对话式短信的最新状况，但对于经常查看运营商手机报的用户，非常不方便。速度极快的3GS在进入短信菜单时却明显变慢，应该是加载彩信的原因。
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