“金融(四大银行、一大保险)、能源(电力、石油)、邮电(邮政、电信)、运输(铁路、民航)、基础建设等领域的国有垄断企业，长期依托行政垄断，拥有强大的博弈能力。为维护龙头地位、持续获得垄断利润，有些垄断企业在政界、学界、传媒界网罗代言人，影响甚至操纵话语权，为其垄断地位辩护，极力排斥行业竞争与民营经济介入，抵制《反垄断法》等于己不利的法律政策出台，或以本行业的特殊情况(如自然垄断、国家安全、为政府赚钱等)为由要求从相关法律政策中得到豁免，维持垄断。”
利益集团的左右导致政治腐败，危及国家利益，动摇执政党人民信任。在70年代和80年代的前苏联非常突出。学者普遍认为，正是苏联某些利益集团相互勾结形成利益集团“新阶级”，在政治、经济多方面影响政府决策，导致了经济崩溃、政局动荡、国家分裂，而利益集团长期忽视民众利益导致执政党丧失民心，最终苏联解体、苏共丧失执政地位。
降低行政效率，助长行政腐败
长期以来，“在具体行政过程中，凡是能巩固、谋取部门利益的，则积极作为；凡是与部门利益相抵触、难以谋取部门利益的，则消极不作为””
这使得一些能维护、增进国家利益的重大决策(如《反垄断法》、燃油税、内外企统一税率、数字电视标准等)迟迟未形成共识而难以出台，而一些对国家利益有消极影响的重大决策(教育产业化、医疗市场化、行业垄断、外企“超国民待遇”以及很大一部分出口退税等)迟迟难以取消或调整。
行政执法重事前审批、轻事后监督管理，这也是矿难频发的重要原因。
部门利益膨胀不仅降低行政效率，而且助长行政腐败。部门职权与资源配置结合的一个重要体现就是审批(特许与垄断经营权等)。由于缺乏必要的监督，审批必然引起“寻租”盛行，导致行政腐败。
部门利益必然使之忽略宏观趋势把握，重视具体项目审批；借宏观调控之名，强化行政审批。不仅造成宏观调控手段的错位(以行政手段代替经济手段)，而且引发与其他中央政府部门职责冲突，并和相关地区、行业利益紧密连在一起，成为中央政府部门之间、中央政府与地方政府之间的矛盾焦点。
增加经济运行成本
部门利益膨胀使得机构臃肿，人浮于事。
部门利益膨胀使得行政收费难以清理取消，损害了市场机制作用的充分发挥。借权谋利正使公权部门向自利性组织演变。“能源、电信、铁路等行业，借助垄断，维持垄断高价，获得垄断利润，造成财富分配扭曲和资源配置恶化，“煤电油运”全面紧张与行业垄断存在紧密关联”。
损害国家利益
增大国家经济风险。长期以来，先部门利益后国家利益，重部门利益轻国家利益，以部门利益取代国家利益，甚至为部门利益而不惜牺牲、损害国家利益等行为，影响社会经济的健康发展，增大国家的经济风险。
由于行政力量保护，垄断企业内部治理普遍存在严重缺陷，隐含着重大经济风险。贪污腐败现象非常普遍，“中航油”、“中棉储”以及国有银行大案要案不断等，就是集中体现。
动摇执政党人民信任
人民政府职能部门如果不代表人民利益，而是代表集团或个人利益，损害大众利益，必然损害政府的公信力与权威，损害党与政府在人民中的形象。
一些部门决策往往反映的是强势集团的利益，社会大众尤其是困难群体的利益被严重忽视。因为部门利益，政府袒护地产开发商，被拆迁户利益得不到保障。“抗法”与“上访”不断；火车票每年到点调价，而且总在普遍反对声中“听证成功”，引发大众不满；工商、质检等肆意收费，导致创业艰、就业难等。部门利益使一些改革片面追求经济效益、严重偏离社会公正方向，威胁社会稳定与和谐。
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